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A través del presente trabajo lo que se busca es proponer un método que permita aplicarde forma práctica, precisa y efectiva un Modelo de Simulación Basado en Agentes delSistema Regional de Innovación (SRI), el cual ha sido desarrollado dentro del Proyecto“Análisis de la Estructura, relaciones y dinámicas de agentes de los Sistemas Regionales deInnovación” liderado por los Grupos de Investigación GISAI y GTI pertenecientes a laUniversidad Pontificia Bolivariana sede Medellín. Esta propuesta de método está centradaen una revisión de las necesidades más relevantes de los Sistemas Regionales de Innovacióny cómo éstas deben ser suplidas paso a paso a través de la estructura del Modelo deSimulación en su aplicación.