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El fitoplancton es un ensamblaje de organismos fotoautótrofos considerados la base de lacadena trófica en los sistemas acuáticos, se caracterizan por presentar un pequeño tamañoy rápido crecimiento. Por otro lado los estudios en la variación de las especies se hancentrado en aspectos taxonómicos, sesgando de cierto modo la interpretación de lavariación, recientemente se ha incluido el estudio de la morfología funcional para facilitar lainterpretación de la manifestación de las comunidades en los sistemas acuáticos. En losAndes tropicales la diversidad acuática ha sido poco investigada, comparada con ladiversidad de ecosistemas terrestres, y a su vez se han basado en diversidad taxonómicaa escala local, lo que dificulta la interpretación de la variación en escalas más amplias comola regional. Por lo tanto abordar este tipo de estudios desde una escala más amplia quetenga en cuenta la taxonomía y que incorpore aspectos funcionales, es importantes paradefinir el estado ecológico de un sistema acuático.